Ele o fez num texto publicado em 1613, Istoria e dimostrazione intorno alle macchie solari (História e demonstração sobre as manchas solares). Seu discretíssimo elogio do sistema copernicano não ocupou mais do que três linhas no final da obra. Foi o suficiente, porém, para assanhar os acadêmicos aristotélicos. Um deles, Lodovico delle Colombe, escreveu um tratado no qual, com base em citações da Bíblia, negava o movimento da Terra. Em plena Idade Média, e trabalhando com idéias que vinham desde a Antigüidade, o grande filósofo cristão João Escoto Erígena (século 9) sustentara que cada passagem das Sagradas Escrituras admitia inúmeras interpretações. É uma incrível prova de decadência intelectual que, 700 anos mais tarde, os acadêmicos italianos regredissem a uma leitura literal e ingênua do texto bíblico.

Galileu poderia ter simplesmente ignorado esse tolo falatório, que em nada abalava sua reputação. Possuía, porém, um temperamento exaltado e resolveu polemizar com os adversários no perigoso terreno da teologia. Num texto que ficou famoso, a Carta à Grã-Duquesa Cristina de Lorena, dirigida à mãe de Cosimo II, escreveu: "A Sagrada Escritura e a natureza vêm, todas as duas, da palavra divina. Mas, enquanto a Bíblia, acomodando-se à inteligência do comum dos homens, fala, na maioria dos casos e com razão, a partir das aparências, e emprega termos que não são destinados a expressar a verdade absoluta, a natureza se conforma, rigorosa e invariavelmente, às leis que lhe foram dadas. Não se pode, apelando aos textos das Escrituras, colocar em dúvida um resultado manifestamente adquirido por observações seguras e provas suficientes".

Esse argumento seria adotado, no século 19, pela própria Igreja. Na época, porém, só fez aumentar ainda mais o número dos inimigos de Galileu. Enquanto continuava a ser intensamente adulado por cardeais cultos e sofisticados, como Matteo Barberini, o cientista tornou-se alvo de ataques de padres ignorantes, cujas pregações exerciam forte impacto emocional sobre os fiéis.